Chương trình Thần học là chương trình đào tạo căn bản của Học Viện, hoạt động theo Qui chế đã được Tòa Thánh chấp thuận và công bố.
Khoa Thần học đào tạo theo hai chương trình:
1. Cử nhân Thần học (STB) 5 năm
2. Thạc sĩ Thần học (STL) 3 năm theo hai chuyên ngành: Thần học Thánh kinh và Thần học Tín lý.
Điều kiện ghi danh thi tuyển vào chương trình STB:
– Bằng Cử nhân Đại học hoặc văn bằng tương đương.
– Nhận hồ sơ ứng tuyển từ tháng 2;
– Các môn thi: Giáo lý, Ngữ văn và Anh văn.